Penelitian ini bertujuan untuk; (1) menemukan bentuk-bentuk prinsip-prinsip belajar Utsman Najati dalam Pendidikan Agama Islam di MTs Ibnul Qoyyim Putri Yogyakarta; (2) mendeskripsikan faktor-faktor yang mempengaruhi prinsip-prinsip belajar Utsman Najati dalam Pendidikan Agama Islam di MTs Ibnul Qoyyim Putri Yogyakarta; (3) menjelaskan cara yang tepat untuk mengimplementasikan prinsip-prinsip belajar Utsman Najati di MTs Ibnul Qoyyim Yogyakarta.Jenis Penelitian yang digunakan adalah penelitian kualitatif dengan model normatif-evaluatif. Adapun lokasi penelitian adalah di MTs Ibnul Qoyyim Putri Yogyakarta. Teknik pengumpulan data menggunakan wawancara mendalam, observasi, dan dokumentasi. Teknik analisis data melalui tahapan reduksi data, penyajian data, dan verifikasi. Hasil penelitian ini menunjukkan; (1) implementasi prinsip-prinsip belajar Utsman Najati dalam bentuk motivasi, pengulangan belajar, partisipasi aktif, perhatian, pembagian belajar, dan perubahan perilaku secara bertahap ditemukan di MTs Ibnul Qoyyim Putri Yogyakarta. (2) faktor yang mempengaruhi; (a) faktor pendukung, yaitu integrasi program kepondokan dengan madrasah, keseragaman gender, ketersedian sarana dan prasarana memadai, aturan yang jelas, keteladanan yang ditampilkan guru, dan kemampuan guru menggunakan berbagai macam metode pembelajaran; (b) faktor penghambat, yaitu kesiapan guru dalam merancang Rencana Program Pembelajaran (RPP),kegiatan madrasah dan kepondokan terlalu padat, kemampuan murid beragam, buku referensi belum lengkap, alat peraga pembelajaran belum lengkap, kemampuan guru dalam mengajar belum merata, indisipliner, dan ada pihak-pihak yang belum terampil memberikan keteladanan. (3) Cara yang tepat untuk mengimplementasikan prinsip-prinsip belajar Utsman Najati dalam pembelajaran PAI adalah: (a) merencanakan kurikulum pembelajaran mencakup ranah kognitif, afektif dan psikomotorik kedalam Rencana Program Pembelajaran (RPP) dan aturan-aturan keseharian di madrasah dan pondok yang aplikatif, seperti Standard Operating Procedure (SOP), (b) memadukan antara kurikulum PAI madrasah dengan kurikulum kepondokan, (c) melaksanakan dan mengawasi kurikulum dengan pengawasan berjenjang, (d) mengevaluasi pelaksanaan kurikulum pembelajaran PAI secara berkelanjutan dalam jangka waktu tertentu, (e) merekonstruksi kurikulum pembelajaran PAI dengan mengacu kepada hasil evaluasi kurikulum.