Perubahan IAIN menjadi UIN tentu saja bukan sekadar perubah status dari semula institut menjadi universitas, melainkan juga termasuk perubahan dalam struktur bangunan keilmuan yang ada didalamnya. Sehingga, permasalahan yang dibahas adalah bagaimana format yang ideal dalam perubahan PTKIN. Penulisan karya ilmiah ini merupakan jenis penelitian library reseach dengan menggunakan pendekatan kualitatif. Transformasi PTKIN, Setidaknya ada hal mendasar yang mengharuskan IAIN ketika telah menjadi UIN harus segera dilakukan, yakni: pertama, Menghilangkan atau paling tidak mereduksi dikotomi ilmu pengetahuan yang selama ini menghinggapi sebagian besar kaum Muslimin. Kedua, Membuka akses terhadap input yang lebih besar, serta mampu melakukan mobilitas vertikal di masyarakat. Ketiga, Membuka peluang yang lebih besar bagi pendidikan Islam untuk berkontribusi ditengah-tengah masyarakat informasi. Di samping itu, upaya mentranformasikan IAIN menjadi UIN harus adanya kemauan yang keras, kesungguhan, serta kemampuan yang dimiliki oleh para pimpinan dan pengelola IAIN saat ini, juga harus dipertimbangkan tentang kemampuan mengelola, meningkatkan dan mengembangkannya secara berkesinambungan, baik dalam administrasi maupun dalam akademiknya.