Dalam sejarah NU, organisasi yang pertama kali didirikan para ulama-pesantren (sebelum kelahiran NU pada tahun 1926) bukanlah Nahdlatul Muslimin, melainkan Nahdlatul Wathon (Kebangkitan Bangsa, 1916). Karena berada dalam konteks kolonialisme, maka ulama-ulama pesantren tidak lagi mengedepankan kekelompokan Islam yang bersifat terbatas, melainkan suatu kebangkitan bangsa demi perjuangan mengusir penjajahan. Nahdlatul Wathon sebagai pusat pergerakan kemerdekaan ini kemudian diperkuat dengan pendirian Nahdlatut Tujjar (Kebangkitan Pedagang) yang merupakan upaya para ulama untuk membangun kemandirian ekonomi masyarakat, vis a vis kolonialisme. Nahdlatut Tujjar kemudian menjadi perjuangan praksis pada level ekonomi, di samping perjuangan pada level kebangsaan melalui Nahdlatul Wathon. Badan Otonom NU adalah Perangkat Organisasi NU yang berfungsi membantu melaksanakan kebijakan NU khususnya yang berkaitan dengan kelompok masyarakat tertuntu. Yaitu : Muslimat NU, Fatayat NU, GP Ansor, IPNU, IPPNU, Jam‟iyan Ahli Thariqah al Mu‟tabaroh an Nahdliyah, JQH (Jamiyatul Quro‟ wal hufadz), Pergunu (Persatuan Guru Nahdlatul Ulama), dan ISNU (Ikatan Sarjana Nahdlatul Ulama).