Tingkat kelulusan Ujian Nasional tahun ajaran 2011-2012 tingkat MA  mencapai 99,24%. Capaian tersebut belum sejajar dengan tingkat kelulusan  sekolah umum atau SMA yang tingkat kelulusannya mencapai 99,50%. Pesantren merupakan lembaga pendidikan dan lembaga sosial yang banyak tumbuh di pedesaan dan perkotaan. Data yang diperoleh dari kementrian Agama menunjukkan bahwa ada sekitar 4400 pesantren yang ada di daerah jawa timur, 870 merupakan pesantren yang terdapat di Madura. Hal ini menunjukkan bahwa pesantren cukup diminati, sehingga dengan banyaknya pesantren menunjukkan bahwa tidak sedikit lulusan yang dihasilkan oleh pesantren. Hal ini mengharuskan pesantren untuk memiliki kualitas input dan output yang baik. Seperti  MA 1 Putri Annuqayah Guluk-Guluk Sumenep yang berada dibawah Naungan Pondok Pesantren Annuqayah. Penerapan manajemen kesiswaan yang  berlangsung di MA 1 Putri Annuqayah tergolong cukup baik, dimana konsep  dalam manajemen kesiswaan yang dimulai dari perencanaan siswa baru, pelaksanaan penerimaan siswa baru, monitoring atau pengendalian, dan evaluasi sudah dapat diterapkan oleh semua civitas MA 1 Putri Annuqayah. Dalam upaya yang dilakukan sekolah berkaitan dengan manajemen kesiswaan untuk meningkatkan kualitas input dan output di madrasah aliyah 1 Putri Annuqayah  antara lain: meningkatkan kedisiplinan siswa, adanya bimbingan dan konseling, mengadakan tambahan belajar (les), penambahan fasilitas yang disediakan untuk siswa agar mememadai, mengirimkan siswa yang berbakat untuk mengikuti perlombaan, memotivasi siswa, serta memberikan arahan kepada siswa yang ingin melanjutkan.