Eksistensi Perguruan Tinggi di Pondok Pesantren tidak dapat diragukan lagi. Hal ini membuktikan sebagai orang-orang Pondok Pesantren tidak serta merta meminej lembaga perguruan tinggi dengan asal-asalan, tetapi mereka memiliki keseriusan dalam mengelolanya. Pondok pesantren sebagai lembaga pendidikan yang berbasis pedesaan dalam membangun peradaban bangsa tidak dapat diragukan lagi. Pondok pesantren membuka diri dengan sistem pendidikan klasikal modern sudah biasa menghadapi dan menjawab problema-problema keummatan dalam berbangsa dan bernegara. Moral adalah salah satu elemen peradaban menjadi sesuatu yang diperhatikan dalam kehidupan oleh semua lembaga termasuk lembaga perguruan tinggi di pondok pesantren. Bagi perguruan tinggi membutuhkan strategi kongkrit agar pondok pesantren tidak kehilangan jati dirinya.  Perguruan tinggi memiliki keunggulan rasionalitas dan pondok pesantren menekankan pada aspek spiritual dan moral. Sinergi keduanya akan membentuk moral peradaban yang berkualitas dan dapat dipertanggung jawabkan. Keberadaan kedua lembaga yakni dan perguruan tinggi dan pondok pesantren memiliki perbedaan mendasar tetapi saat ini sudah mulai saling berdekatan dan saling membutuhkan.