Fokus kajian pada penelitian ini dilatar belakangi dari munculnya berbagai bentuk kekerasan yang cukup beragam di sekolah yang timbul karena adanya keberagaman yang terjadi antar siswa dalam berbagai hal, sehingga sangat diperlukan adanya pendidikan nilai-nilai multikultural dalam pembentukan karakter religius yang melibatkan serangkaian proses manajemen di sekolah. Tujuannya yaitu untuk mewujudkan siswa menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggung jawab. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa yang pertama, dalam pelaksanaan manajemen pendidikan nilai-nilai multikultural di MAN Yogyakarta III meliputi empat tahap, yaitu perencanaan yang dilaksanakan melalui tiga proses, pengorganisasian yang terdiri dari dua kelompok, penggerakan yang terdiri dari dua bentuk penggerakan, dan pengawasan yang dibagi menjadi dua bentuk pengawasan. Kedua, implementasi nilai-nilai pendidikan multikulural dalam pembentukan karakter religius dilakukan melalui tiga proses yaitu kegiatan rutin yang diterapkan melalui tiga kegiatan, kegiatan spontan yang diadakan pada waktu tertentu, dan pengondisian yang diterapkan melalui berbagai tulisan yang memotivasi.