Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui persepsi siswa terhadap penerapan sistem full day school serta kendala dan upaya  yang dilakukan oleh  MTs Mardhatillah. Populasi dalam penelitian ini berjumlah 137 siswa. Sampel di tentukan sebanyak 102 siswa yang diambil dengan menggunakan teknik proportional random sampling. Data dikumpulkan dengan metode wawancara dan kuesioner, analisis data yang digunakan adalah analisis deskriftif. Hasil penelitian  menunjukan  bahwa  persepsi  siswa  terhadap  penerapan  sistem  full  day school di MTs Mardhatillah Singaraja Tahun Ajaran 2017/2018 secara dominan menunjukan kategori setuju. Kendala yang dihadapi siswa terkadang merasa bosan dan kurang berkonsentrasi karena belajar seharian, siswa merasa terbebani dengan Pekerjaan Rumah (PR)   yang   diberikan   oleh   guru   di   akhir   pembelajaran,   guru   harus   lebih   banyak mempersiapkan materi karena durasi pembelajaran yang lebih lama dan guru memiliki waktu sedikit  untuk melakukan evaluasi belajar.  Upaya  yang  dilakukan guru  untuk mengurangi siswa jenuh dalam mengikuti pembelajaran guru memberikan selingan baik berupa game maupun kegiatan belajar diluar ruangan untuk mata pelajaran tertentu dan guru selalu berusaha menggunakan metode pembelajaran sehingga siswa merasa senang dalam belajar sehingga tercipta pembelajaran yang aktif dan menyenangkan.