Dalam kurun waktu 2010-2013 peristiwa intoleransi di Indonesia semakin meningkat, belum ditambah dengan deretan kasus lainnya dari tahun 2014 hingga tahun 2017. Gejolak intoleransi di Indonesia memanas seiring dilaksanakannya aksi yang mengatasnamakan pembelaan agama. Mulai dari aksi damai 411 hingga aksi 212 pada penghujung tahun 2016 dan aksi 212 jilid II di awal tahun 2017. Padahal sebagai masyarakat Indonesia selayaknya menjaga keharmonisan di tengah kebhinekaan dengan sikap toleransi. Toleransi dalam Islam lebih dari sekedar toleransi atau kemauan untuk menerima ketidaksepakatan yang genuine tapi di dalamnya juga terkandung ihsân (kebaikan) kepada orang lain yang membawa kecintaan kepada seseorang yang diberikan kepadanya kebaikan, dan mengarahkan pada kecintaan, keharmonisan, serta menjauhkan manusia dari kekerasan dan alienasi. Berbicara tentang toleransi kita bisa belajar dari potret Pondok Pesantren Gontor Ponorogo. Gagasan untuk membangun Gontor menjadi pondok pesantren yang menanamkan nilai-nilai toleransi berawal dari situasi sosial dan politik bangsa Indonesia berpengaruh pula pada pendidikan. Wawasan toleransi sesungguhnya telah menjadi pendidikan dasar yang tidak hanya diajarkan dalam pengajar formal di kelas saja tapi juga dilakukan dalam kehidupan sehari-hari santri. Pendidikan toleransi di pondok Gontor juga tercermin dari muatan atau isi kurikulum yang kentara mengajarkan wawasan santri akan keragaman keyakinan. Dalam hal toleransi Pondok Gontor diibarataan sebagai miniatur Indonesia yang terdapat ribuan santri dengan berbeda latar belakang serta ras. Namun dengan perbedaan tersebut, seluruh santri di Gontor bisa saling menghargai. Kata Kunci: Toleransi, Pesantren Gontor