Merujuk tentang Islam Nusantara erat kaitannya dengan diskursus pesantren sebagai lembaga keagamaan tradisional yang memiliki dinamika dan viabilitas cukup tinggi dalam merajut dan mendialogkan Islam dengan sosial budaya masyarakat yang kemudian disandingan dengan kearifan lokal di dalamnya. Pribumisasi Islam yang kemudian dibangun menjadi semacam cagar budaya dan wujud harmoni dalam pola nalar keagamaan dengan berusaha mempertemukan jembatan antara budaya dan agama sehingga memberikan peluang bagi keanekaragaman praktek kehidupan beragama pada setiap wilayah yang berbeda. Dalam konteks ini juga pesantren membawa andil sebagai garda depan mengembangkan berbagai nilai Islam dan toleransi dengan budaya Nusantara berserta maknanya untuk mencapai transformasi sosial, menjadi agen perubahan dan pembaharuan disegala lini. Pesantren sebagai penjaga tradisi dan dengan otentisitas khasnya akan mampu mewujudkan wajah Islam Nusantara yang Rahmatan Li Al ‘Alamin baik dari sisi golongan, kelompok, serta keragaman budaya yang ada. Dengan ini pesantren juga bisa memiliki cukup modal sosial sebagaimana yang dimaksud Robert Putman (2003) berupa kepercayaan, norma dan jejaring sehingga nantinya bisa mewujudkan pusat peradaban Islam khususnya di Nusantara.