Otonomi Daerah adalah kewenangan daerah otonom untuk mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat sesuai dengan peraturan perundang-undangan. Pemberlakuan Otonomi Daerah ini memiliki makna strategis dan signifikansi bagi dunia pendidikan. Dalam perspektif pendidikan, Otonomi Daerah identik dengan desentralisasi pendidikan. Posisi madrasah dalam kerangka Otonomi Daerah sekarang ini sangat dilematis. Pendidikan Madrasah yang berkaitan dengan keagamaan tetap menjadi kewenangan Pemerintah Pusat dibawah Departemen Agama. Padahal, sebagai lembaga pendidikan, seharusnya madrasah masuk dakam kerangka Sistem Pendidikan Nasional dan menjadi kewenangan Pemerintah Daerah. Strategi peningkatan mutu madrasah harus mengacu pada profesionalisme. Untuk mewujudkan semua itu, maka madrasah masa depan harus dikelola dengan manajemen modern, yang sekarang ini dikenal dengan istilah Total Quality Education (TQE) sebagai adaptasi dari Total Qulaity Management (TQM). Madrasah masa depan harus prospektif dan mampu memenuhi 3 (tiga) harapan masyarakat, yaitu: mencerdaskan, menjanjikan dan menginternalisasikan. Dengan demikian, madrasah masa depan akan menjadi pilihan umat.