Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan antara penerapan manajemen berbasis sekolah (MBS) dalam perspektif balanced scorecard meliputi empat subfaktor yaitu perspektif pelanggan, perspektif keuangan, perspektif proses internal, serta perspektif pembelajaran dan pertumbuhan, dengan mutu pembelajaran. Dan juga untuk menganalisis tingkat efektivitas dan kontribusi penerapan manajemen berbasis Sekolah dalam keempat subfaktor perspektif balanced scorecard terhadap mutu pembelajaran. Penelitian ini dilakukan di MAN Maguwoharjo dengan mengambil sampel sebanyak 171 siswa yang terdiri dari 88 siswa kelas XI dan 83 siswa kelas XII. Pengambilan sampel dilakukan dengan menggunakan teknik probability sampling yaitu simple random sampling dan proportionale sampling dengan mengacu pada random table. Adapun metode analisis data yang digunakan dalam penelitian ini terdiri dari statistik deskriptif dan statistik inferensial dengan bantuan SPSS (Statistical Product and Service Solution) sebagai alat bantu statistik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hubungan antara penerapan manajemen berbasis sekolah dalam perspektif balanced scorecard yang meliputi perspektif pelanggan (X1), perspektif keuangan (X2), perspektif proses internal (X3), serta perspektif pembelajaran dan pertumbuhan (X4) dengan mutu pembelajaran (Y) tidak berpengaruh secara langsung, namun dimediasi/diintervensi oleh budaya madrasah (Z). Hal ini berdasarkan perbandingan hasil analisis korelasi bivariate (ryx) dengan korelasi parsial (ryx.z)   diperoleh nilai ryx > ryx.z untuk keempat variabel independen (X1, X2, X3, dan X4). Berdasarkan hasil analisis regresi sederhana diperoleh variabilitas variabel X1 dalam memprediksi variabel Y sebesar 20,7% (R2=0,207), variabilitas variabel X2 dalam memprediksi variabel Y sebesar 18,4% (R2=0,184), variabilitas variabel X3 dalam memprediksi variabel Y sebesar 25,7% (R2=0,257), variabilitas variabel X4 dalam memprediksi variabel Y sebesar 31,6% (R2=0,316). Adapun hasil yang diperoleh dari analisis regresi berganda dengan memasukkan variabel Z diperoleh variabilitas variabel X1, variabel X2, variabel X3, variabel X4, dan variabel Z dalam memprediksi variabel Y adalah sebesar 35% (R2=0,350) sedangkan sisanya sebesar 65% variabilitas variabel Y dikontribusikan oleh variabel yang lain.