This research aims to know the implementation of the management of boarding school in "Modern MBS Yogyakarta and relevance to the goals of Islamic education. The research method used is the research field (field research) with the kind of qualitative research. The technique of data collection by observation, interview and documentation in-depth while testing the validity of data using triangular engineering resources. The results of this study indicate that by looking at the concept of management of Islamic education, boarding school management in MBS Yogyakarta has significant relevance to the purposes of Islamic education conceptually as well as Islamic education values on the fulfillment aspects of competence of learners from the national education goals. Keywords: Management Of Islamic Education, Boarding School, The Goals Of Islamic Education Abstrak Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui implementasi manajemen boarding school di Ponpes Modern MBS Yogyakarta dan relevansinya dengan tujuan pendidikan Islam. Metode penelitian yang dipergunakan ialah penelitian lapangan (field research) dengan jenis penelitian kualitatif. Teknik pengumpulan data dengan observasi, dokumentasi dan wawancara mendalam sedangkan pengujian keabsahan data menggunakan teknik trianggulasi sumber. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa dengan melihat konsep manajemen pendidikan Islam, manajemen boarding school di MBS Yogyakarta memiliki relevansi yang signifikan dengan tujuan pendidikan Islam secara konseptual maupun nilai-nilai pendidikan Islam pada pemenuhan aspek kompetensi peserta didik yang dikembangkan dari tujuan pendidikan Nasional. Kata Kunci: Manajemen Pendidikan Islam, Boarding School, Tujuan Pendidikan Islam