Abstrak : Program Studi Pendidikan Agama Islam Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan IAIN Ambon merupakan lembaga yang bergerak di bidang pendidikan dan pengajaran. Dalam menjalankan fungsinya sebagai lembaga pendidikan dibutuhkan suatu perencanaan yang strategis guna mewujudkan tujuan yang telah dirumuskan. Perencanaan tersebut digambarkan dalam visi dan misi Program Studi Pendidikan Agama Islam. Namun kenyataan yang dijumpai dalam proses pembelajaran adalah masih terdapat beberapa dosen yang melaksanakan pembelajaran tidak mengarah kepada pelaksanaan visi dan misi Program Studi. Hal ini terlihat ketika dalam proses perkuliahan masih banyak dosen yang tidak disiplin sehingga proses perkuliahan tidak berjalan dengan efektif. Hasil dari penelitian ini adalah pelaksanaan visi dan misi Program Studi Pendidikan Agama Islam dalam proses pembelajaran dilakukan dengan mengganti kurikulum lama dengan kurikulum baru yakni kurikulum KKNI (Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia) yang disesuaikan dengan visi dan misi Program Studi. Sedangkan faktor penghambatnya adalah minat belajar mahasiswa yang masih kurang, sarana dan prasarana yang belum memadai, buku-buku penunjang mata kuliah yang masih kurang, serta dosen yang tidak disiplin dalam perkuliahan. Kata Kunci: Pelaksanaan Visi dan Misi Program Studi, Proses Pembelajaran.