Produksi cabai di kabupaten kepulauan Selayar tidak dapat memenuhi kebutuhan masyarakat karena produksinya masih rendah. Salah satu penyebab rendahnya produksi cabai di Selayar adalah infeksi penyakit. Penyakit yang sering ditemukan pada tanaman cabai disebabkan oleh jamur Colletotrichum Sp, Cercospora Sp. Gejala dan intesitas penyakitnya berbeda, jadi perlu untuk mengidentifikasi gejala, penyebab penyakit, deskripsi dan tingkat penyakit untuk dapat mengendalikan penyakit. Identifikasi dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Sains dan Teknologi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gejala penyebab penyakit dan untuk mengetahui jenis-jenis penyakit yang terdapat pada cabai (Capsicum annum L.). Penelitian dilakukan menggunakan metode survei, penentuan lokasi lahan tanaman cabai dengan purposive sampling, pengambilan sampel dilakukan dengan metode diagonal dengan sampling acak. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penyakit pada tanaman cabai di kabupaten Selayar adalah penyakit bercak daun yang disebabkan oleh Cercospora sp. Akar, buah, dan ranting adalah penyakit antraknosa yang disebabkan oleh Colletotrichum sp.