Globalisasi pendidikan adalah suatu keharusan yang tidak bisa di tawar lagi oleh sebab itu pengelola lembaga pendidikan harus bersikap proaktif dalam menghadapi berbagai perubahan yang terjadi dalam dunia pendidikan. Berbagai kebijakan pendidikan nasional membawa pengaruh yang signifikan terhadap lembaga pendidikan Islam, sebelum lahirnya undang-undang No. 20 tahun 2003 tentang Sistem pendidikan nasional dunia pendidikan Islam berkali-kali mengalami diskriminasi dalam hal kebijakan pendidikan. pesantren harus menjadi agent of change (agen perubahan) bagi masyarakat Islam yang majemuk. Berbagai kebijakan yang di ambil oleh seorang kiai sebagai pimpinan pesantren sangat berpengaruh terhadap kemajuan pesantren yang di pimpinnya. Berdasarkan penelitian diungkapkan bahwa setiap tawaran inovasi yang datang selalu di respons secara dilematis, yakni antara melestarikan nilai-nilai lama atau mengembangkan nilai yang sama sekali baru atau bahkan memadukan keduanya. Dalam menjawab tantangan perubahan dan berbagai kebutuhan masyarakat, beberapa pesantren secara historis telah melakukan beberapa inovasi pada sistem pendidikanya. Proses transformasi itu semata-mata menghasilkan inovasi karena faktor internal ataukah eksternal, atau interaksi keduanya. Pada kenyataanya kekuatan-kekuatan eksternal seperti pemerintah dan LSM (Lembaga Swadaya Masyarakat), turut andil dalam proses tersebut. Pemerintah berperan sebagai pengelola pembangunan sedangkan LSM yang memfasilitasi pelatihan-pelatihan yang melibatkan sumber daya pesantren.