In Islamic perspective, researching universe is not only investigate the universe materially but also what is behind the universe itself. So, the universe was not viewed autonomously. This paper tried to elaborate significance of philosophy of science for humanity in Islamic perspective by using three fundamental structures of knowledge, namely ontology, epistemology, and axiology. Both Islam and science have to put humanity as center for research. The paradigm of Islamic science opens up an integral-holistic thought, and can not be separated from axiological meaning, that the purposes toward the enlightenment, progress, welfare, safety, and happiness for the whole human being in this world. So, Islam and science could give the most important roles to human’s welfare and safety. *** Dalam perspektif Islam, meneliti alam semesta tidaklah hanya mengkaji alam dari aspek materialnya, melainkan juga aspek spiritual di balik yang nyata sehingga alam semesta tidak dikaji secara berdiri sendiri. Tulisan ini mencoba meng­elaborasi tentang signifikansi filsafat sains untuk kemanusiaan dari perspektif Islam dengan menggunakan tiga unsur pokok pengetahuan: ontologi, episte­mo­logi dan aksiologi. Hasil kajian menunjukkan bahwa Islam dan sains sama-sama menjadikan nilai kemanusiaan sebagai objek penelitian. Paradigma ilmu penge­tahuan Islam itu membuka cakrawala berpikir yang menyeluruh dan terintegrasi, dan tidak dapat dipisahkan dari makna aksiologinya yang bertujuan untuk pencerahan, perkembangan, kesejahteraan, keselamatan, dan kebahagiaan bagi seluruh umat manusia di dunia. Oleh karena itu, Islam dan ilmu pengetahuan memberikan peran yang sangat penting bagi kesejahteraan dan keselamatan manusia.