Implikasi Undang-Undang No. 20 Tahun 2003 terhadap sistem pendidikan Islam, secara konseptual memberikan landasan kuat dalam mengembangkan dan memberdayakan sistem pendidikan Islam dengan prinsip demokrasi, desentralisasi, pemerataan/keadilan, mutu dan relevansi, dan menjunjung tinggi hak asasi manusia. Sehingga terwujud akuntabilitas pendidikan yang mandiri menuju keunggulan. Implikasi tersebut mengindikasikan upaya pembaharuan sistem pendidikan Islam baik kandungan, proses maupun manajemen. Karena itu, konsep yang ditawarkan dan sekaligus sebagai konsekuensi berlakunya Undang-Undang No. 20 Tahun 2003, adalah mereformulasikan konsep pendidikan Islam yang berwawasan semesta, dengan langkah-langkah membangun kerangka filosofis-teoritis pendidikan, dan membangun sistem pendidikan Islam yang diproyeksikan melalui Laboratorium fungsi ganda, yakni peningkatan mutu akademik dan pengembangan usaha bisnis. Upaya ini dilakukan dalam kerangka mewujudkan akuntabilitas lembaga pendidikan Islam yang mandiri menuju keunggulan, sehingga diharapkan mampu memberikan kontribusi nyata dalam membangun bangsa dan negara Indonesia. Pendidikan Islam merupakan bagian integral dari sistem pendidikan nasional. Artinya jika saat ini masih dipahami posisi pendidikan Islam sebagai subsistem dalam konteks pendidikan nasional sebagai sekadar berfungsi sebagai pelengkap (suplemen), maka hendaklah terjadi pergeseran ”peran” dari sekadar suplemen menjadi bagian yang juga turut berperan dan menentukan (substansial).Hanya saja, jika masih tetap dalam posisi yang sama, maka sudah selayaknya Depag memberikan hak pengaturan pendidikan kepada Depdiknas, sehingga untuk masa mendatang, pengaturan masalah-masalah pendidikan berada pada satu unit Departemen saja, dan tidak seperti sekarang ini banyak departemen mengelola pendidikan kedinasan dan non-kedinasan.