Sentralisasi sistem manajemen pendidikan islam yang masih dikelola oleh Negara, dan dualisme pengelolaan oleh Kemendiknas dan Kementerian Agama telah menyebabkan lambatnya peningkatan mutu pendidikan Islam. Hal ini menunjukkan bahwa manajemen berbasis pusat merupakan salah satu faktor penyebab kurang optimalnya mutu pendidikan Islam. Seiring dengan terus berlangsungnya otonomi daerah, mestinya kebijakan tentang Manajemen Berbasis Madrasah (MBM) dalam peningkatan mutu pendidikan Islam sebagai wujud dari desentralisasi pendidikan merupakan suatu keniscayaan yang perlu segera dilakukan. Esensi MBM adalah otonomi madrasah plus pengambilan keputusan partisipatif. Tujuan MBM adalah untuk memberdayakan madrasah. Kebijakan MBM dalam meningkatkan mutu pendidikan Islam dapat diurutkan sebagai berikut : mensosialisasikan konsep MBM, melakukan analisis sasaran, mengidentifikasikan fungsi-fungsi yang diperlukan. Untuk mencapai sasaran, melakukan analisis SWOT, meyusun rencana madrasah, mengimplementasikan rencana madrasah dan merumuskan sasaran baru.