Penelitian ini bertujuan untuk 1) Mengetahui kepemimpinan kepala sekolah di SD Muh Karangkajen, 2) Mengetahui iklim sekolah di SD Muh Karangkajen, 3) Mengetahui otonomi sekolah di SD Muh Karangkajen.Jenis penelitian ini adalah deskripsi secara kualitatif. Data primer diperoleh melalui wawancara, studi pustaka, dokumentasi dan observasi tentang implementasi MBS di SD Muh Karangkajen. Narasumber ditetapkan dengan metode purposive sampling. Objek penelitian adalah SD Muh Karangkajen dan subjek penelitian adalah seluruh warga sekolah dan masyarakat. Teknik analisis data memakai metode induktif dan komparatif.Hasil  penelitian  menunjukkan  bahwa:  a)  Manajemen  berbasis  sekolah  di  SD Muhammadiyah Karangkajen memiliki karakteristik yang khusus di antaranya yaitu kepemimpinan sekolah yang dalam bertindak/ menjalankan tugas kepala Sekolah di SD Muh Karangkajen bertindak sangat arif, bijaksana, adil dan visioner; dalam pengoptimalan pelaksanaan kultur sekolah di antaranya adalah penanaman budaya disiplin; pelaksanaan kegiatan keagamaan secara rutin, pelaksanaan pembelajaran Aktif,  Kreatif,  Efektif  dan  Menyenangkan  (PAKEM);  Upaya  sekolah  dalam melaksanakan otonomi sekolah di antaranya adalah manajemen tenaga pendidik, manajemen siswa, manajemen kurikulum. b) Manajemen Berbasis Sekolah yang ada di SD Muh Karangkajen dapat membangun standar kompetensi guru, pengembangan kurikulum melalui pembelajaran yang aktif, kreatif, dan menyenangkan. c) Pelaksanaan manajemen berbasis sekolah di SD Muhammadiyah Karangkajen merupakan langkah pengelola sekolah dalam membangun kemandirian dalam beberapa bidang, yaitu bidang pengadaan tenaga kependidikan, pengembangan kurikulum sekolah.