Kendala yang sering dihadapi guru MI/SD dalam kegiatan pembelajaran untuk siswa inklusi adalah pembelajaran sains. jelaslah hal ini tidak sejalan dengan hakikat pembelajaran sains yang menekankan pelakunya untuk berperan aktif, memiliki kemampuan mobilitas, mampu mengeksplorasi alam sekitar, dan pengembangan lebih lanjut dalam penerapannya dikehidupan sehari-hari. Permasalahan dalam mempelajari sains pada siswa inklusi harus segera dicarikan jalan keluarnya. Jika tetap dibiarkan maka kemampuan siswa inklusi dalam pembelajaran sains akan semakin tertinggal dengan siswa pada umumnya.Ajaran Pestalozzi merupakan sesuatu yang harus diberikan kepada siswa MI/SD di sekolah penyelenggara inklusi, karena ajaran Pestalozzi mengandung muatan pendidikan moral yang dapat membentuk pribadi anak, supaya menjadi manusia yang baik, warga masyarakat, dan warga negara yang baik dan hidup setara dengan anak-anak normal lainnya. Pendidikan inklusi merupakan perkembangan pelayanan pendidikan terkini dari model pendidikan bagi anak berkebutuhan khusus, dimana prinsip mendasar dari pendidikan inklusi, selama memungkinkan, semua anak atau siswa seyogyanya belajar bersama-sama tanpa memandang kesulitan ataupun perbedaan yang mungkin ada pada mereka. Peranan guru sains dan perancang pembelajaran dalam mengembangkan strategi pembelajaran sains pada siswa MI/ SD di sekolah penyelenggara inklusi mestinya harus lebih banyak memberikan kesempatan kepada peserta didik untuk mengambil peran moral, baik di dalam lingkungan keluarga, lingkungan sekolah, lingkungan teman sebaya dan lingkungan masyarakarat yang lebih luas dengan memberikan keteladanan melalui proses peniruan, dimana semuanya harus dimulai dari pendidik itu sendiri.