Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi profil literasi sains mahasiswa STISIP Amal Ilmiah Yapis Wamena. Dengan menggunakan pertanyaan yang bertemakan isu sosial ilmiah dari contoh soal PISA 2009,  jawaban mahasiswa kemudian dideskripsikan dalam lima tingkatan literasi, yaitu tidak menjawab soal atau menuliskan kembali wacana pada soal, nominal, fungsional, konseptual dan prosedural, dan multidimensional. Kemudian, jawaban tersebut dianalisis dan diklasifikasikan dalam lima kualifikasi literasi sains. Sebanyak 138 orang mahasiswa yang dilibatkan dalam penelitian ini, sebanyak 53% memberikan jawaban soal dengan menuliskan kambali wacana pada soal atau bahkan kosong. Persentase mahasiswa dengan kategori jawaban nominal, fungsional, dan konseptual prosedural, masing-masing berada dibawah 10%. Sedangkan, jawaban mahasiswa dengan kategori multi dimensional sebanyak 26%. Rerata kategori jawaban soal literasi sains mahasiswa hanya 0,5 dengan kategori jawaban nominal. Artinya, mahasiswa tidak memiliki konsep yang benar dalam menjelaskan sebuah fenomena. Sedangkan rerata nilai literasi sains mahasiswa hanya sebesar 2,5 dengan kualifikasi sangat kurang. Tidak terdapat perbedaan mencolok antara kualifikasi literasi sains mahasiswa angkatan tahun pertama dan mahasiswa tahun ketiga. Skor rerata pada mahasiswa semester 2 sebesar 2,39 (Sangat Kurang) dan mahasiswa semester 6 memiliki rerata skor 3,02 (Kurang). Akan tetapi, terdapat perbedaan nilai rerata literasi sains mahasiswa yang berasal dari orang asli Papua (OAP) dan bukan orang asli Papua, masing-masing sebesar 1,01 dan 6,18. Nilai rerata ini  bukan tujuan penelitian, namuan sebagai rekomendasi untuk melanjutkan penelitian tentang sebab rendahnya literasi sains orang asli Papua (OAP).