Ketika kita membicarakan sistem pendidikan agama islam di Indonesia, maka kita tidak bisa lepas dari sejarah perkembangan islam di Indonesia itu sendiri.Pada awal perkembangan islam di Indonesia, pendidikan agama diberikan dalam  bentuk informal.Pendidikan yang diberikan lebih mengutama melalui contoh  teladan. Sejalan  dengan  perkembangan  zaman   dan  pergeseran  kekuasaan  di Indonesia,  pendidikan  islam  juga  mengalami  perubahan.  Pendidikan  islam mulai bersentuhan dengan sistem pendidikan formal yang lebih sistematis dan teratur. Yang dimaksud dengan tujuan pendidikan nasional dalam sisdiknas adalah berkembangnya potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap,  kreatif,  mandiri,  dan  menjadi  warga  negara  yang  demokratis  serta bertanggungjawab Dari rumusan diatas menunjukkan bahwa agama menduduki posisi yang sangat   penting  dan  tidak  dapat  dipisahkan  dalam  membangun  manusia Indonesia  seutuhnya.