Kedatangan Belanda sebagai penjajah ke Nusantara, Indonesia banyak membawa perubahan dalam segala sistem yang sudah ada, khususnya bagi masyarakat muslim yang dulu pernah ada dalam kerajaan-kerajaan muslim yang kuat. Pada saat daerah nusantara sudah dikuasai penjajah kolonial maka banyak kebijakan yang diterapkannya baik dari segi politik, sosial maupun ekonomi yang agak berbeda dengan sebelumnya. Kebijakan-kebijakan tersebut pada masanya berdampak pada kebijakan pendidikan yang diatur kemudian oleh Belanda, termasuk dari gurunya, materi yang disampaikan sampai, sarana-prasana yang mendukung proses pembelajaran tersebut dan lain-lain. Bahkan Kebijakan pada pendirian sekolah agamapun diatur yang semuanya diharapkan tidak mengganggu pada aturan yang sudah ditetapkan oleh Belanda. Sehingga penganalisaan terhadap kebijakan yang dikeluarkan oleh pemerintah Belanda selama mereka menjajah di Indonesia ternyata banyak yang merugikan ummat Islam. Sebagai contoh banyak tamatan-tamatan dari sekolah agama tidak diterima, kemudian guru-guru agama yang dimarginalkan bahkan materinya harus dapat izin dari pemerintahan Belanda, setiap proses pembelajarannya selalu diamati karena dikhawatirkan terjadinya pemberontakan. Hal ini menjadikan pendidikan Islam kurang leluasa dan sulit berkembang. Walaupun demikian usaha untuk terus memperjuangkan dan mempertahankan pendidikan Islam diwujudkan terus dengan mendirikan beberapa lembaga pendidikan seperti pesantren maupun madrasah. Materi-materi di Madrasah digandakan dengan pembelajaran agama dan umum, agar siswanya dapat diterima dikalangan kepemerintahan Belanda pada waktu itu.