Pemahaman makna jihad yang selama ini dikenal banyak diajarkan di lembaga pesantren, tidak boleh dilakukan secara parsial, namun harus sejalan dengan pemikiran logis yang sesuai dengan situasi sekarang ini, memandang kesamaan untuk mendapatkan kedamaian dalam hidup bermasyarakat. Dilihat dari gerakannya, sebenarnya bukan pesantren yang mengajarkan terorisme kepada para santrinya. Faktor penyebab lahirnya pengikut Islam radikal adalah karena keadaan geopolitik internasional. Di satu sisi karena maraknya tuduhan terorisme kepada umat Islam dunia, ditambah dengan pembantaian dan tindakan diskriminasi yang dialami oleh umat Islam minoritas, seperti di Thailand, Filipina, Vietnam, bahkan termasuk di negara mayoritas muslim seperti di Indonesia. Di sisi lain, isu tersebut membuat segelintir generasi muda muslim frustasi dan ikut merasakan kesedihan kolektif seperti yang dialami saudara mereka sesama muslim. Sehingga membuat mereka berani melakukan apa saja demi membantu umat muslim yang tertindas sekalipun harus mengorbankan nyawa. Dampak yang paling nyata dari stigmatisasi ”pesantren-terorisme” adalah mengakibatkan beberapa pihak (terutama Amerika Serikat) menuduh kurikulum pesantren mengajarkan jihad dengan kekerasan. Mereka menghendaki agar ada peninjauan kembali tentang kurikulum yang diajarkan pesantren. Kurikulum pesantren harus dievaluasi serta dikaji ulang karena dianggap mengajarkan terorisme dan kekerasan. Dengan demikian, institusi pendidikan pesantren, sebagai pihak yang disudutkan dalam kasus terorisme ini, harusmampu menjelaskan bahwa jihad yang diajarkan di pesantren adalah jihad perdamaian tanpa kekerasan, atau yang sering disebut peaceful jihad. Jihad perdamaian ini dilakukan dengan menegakkan nalar, kebebasan dan demokrasi. Melalui jihad perdamaian ini, diharapkan dunia pesantren mampu mendobrak stereotype negatif yang melekat, yakni pesantren sebagai sebuah sub kultur masyarakat yang dekat dengan radikalisme agama.