Pesantren Muntasyirul Ulum pesantren adalah sebuah asrama bagi siswa MAN Yogyakarta III. Materi pembinaan terintegrasi dengan pelajaran yang diberikan di MAN Yogyakarta III antara lain berkenaan dengan pendidikan agama dan pembentukan karakter kreatif serta beragama secara mandiri. Pesantren Muntasyirul ulum adalah bentuk upaya serius yang diwujudkan dengan memberikan bimbingan, baik secara individu maupun kelompok. Pembinaan individu atau konseling ditujukan untuk membimbing siswa untuk beranjak melalui masa remaja yang penuh gejolak. Kondisi remaja yang tidak sedikit menui konflik sosial dan ekonomi. Jadi pembinaan yang diarahkan agar siswa dapat melaksanakan tugasnya sebagai siswa, memiliki pribadi mandiri dan mengaktualisasikan bakat dalam bentuk kemampuan pribadi yang tangguh dalam menghadapi kesulitan. Membekali mahasiswa untuk memiliki pribadi dengan semangat iman. Dengan mengilhami metode dialog asrama berusaha untuk mendidik dan membekali mereka dengan sifat kemanusiaan, toleransi dan pluralisme. Hal ini sejalan dengan agama, bahwa humanistik tidak berhenti pada aktualisasi materi tetapi juga realitas wahyu.