Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis-jenis ektoparasit apa saja yang menginfeksi ikan budidaya di Perairan Teluk Ambon dan seberapa besar tingkat serangannya. Dengan menggunakan menggunakan metode observasi di lapangan dan pengamatan di laboratorium.   Sampel ikan sebanyak 60 ekor diambil dari 3 Keramba jaring apung (KJA) yang berbeda, KJA pertama di perairan desa Waiheru, KJA kedua di perairan sekitar Tanjung Martafons Desa Poka, dan KJA ketiga di perairan desa Galala. Pemeriksaan parasit dilakukan di Laboratorium Hama dan Penyakit Ikan, Stasiun Karantina Ikan Kelas I Ambon dan Laboratorium Hama dan Penyakit Ikan BBL Ambon. Identifikasi parasit dilakukan berpedoman pada Kabata (1985) dan Grabda (1991). Hasil pengamatan diperoleh 90 individu ektoparasit yang menginfeksi ikan kerapu macan (Epinephelus fuscogutattus) dan 61 individu ektoparasit yang menginfeksi ikan Kuwe (Caranx ignobilis). Hasil identifikasi diketahui jenis parasit yang menyerang ikan budidaya di perairan Teluk Ambon, antara lain Benedenia, Haliotrema, Diplectanum  dan Microcotyle sp. Parasit Microcotyle sp yang ditemukan pada KJA di desa Poka memiliki tingkat prevalensi tertinggi 85%, sedangkan parasit dengan intensitas tertinggi  16,6 ind/ekor ditemukan pada jenis Haliotrema sp dari KJA di perairan desa Waiheru. Tingkat serangan ektoparasit tertinggi pada organ Insang.