Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis-jenis parasit, tingkat serangan, prevalensi dan intensitas Ektoparasit, juga bagaimana pengaruh hubungan kualitas air terhadap serangan parasit pada ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altevalis) dalam wadah budidaya (KJA). Metode pengambilan sampel adalah ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altevalis) diambil pada keramba jaring apung (KJA) di Perairan Teluk Kayeli secara acak sebanyak 20 ekor dengan ukuran yang bervariasi dan selanjutnya sampel ikan diperiksa di Balai Budidaya Laut Ambon, lalu diamati organ tubuh ikan yang meliputi sisik, sirip, insang dan mata, hal ini untuk mempermudah identifikasi menggunakan proses metode staining carmine borax. Berdasarkan hasil yang diperoleh maka ektoparasit yang ditemukan menginfeksi ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altevalis) selama penelitian berjumlah 31 individu yang terdiri dari satu Filum yakni Cliopora yakni Trichodina sp dan Cryptocaryon sp, yang merupakan ektoparasit terbanyak yang ditemukan yakni 28 individu dengan tingkat prevalensi 70% dengan nilai intensitas 2 ind/ekor serta nilai kelimpahannya 0,4. Dari hasil pemeriksaan terhadap organ tubuh ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altevalis) ternyata organ insang merupakan organ tubuh yang paling banyak terinfeksi ektoparasit yakni 13 individu dibandingkan dengan ketiga organ lainnya.