Penelitian ini bertujuan menganalisis dan menentukan tingkat pencemaran merkuri (Hg) di perairan Teluk Kao Halmahera Utara. Metode yang digunakan adalah metode survei observasi wawancara dan pengambilan sampel air dengan cara purposive sampiling sedangkan untuk analisis air dan sedimen mengunakan alat spektrofotometer penyerap atom (atomic absorption spectrophotometer, AAS). Analisis kualitas air sungai, air laut di perairan Teluk Kao Halmahera Utara untuk pagi dan sore dengan nilai sebesar 0,004 mg/L - 0,0038 mg/L. Sedangkan kandungan merkuri (Hg) untuk sedimen pagi dan sore dengan nilai 0,0032, mg/L - 0,0076 mg/L. Berdasarkan dari hasil tersebut bahwah mutu air sungai Kobok dan Taolas di perairan Teluk Kao Halmahera Utara sudah tidak bisa dikonsumsi sesuai Peraturan Pemerintah Pengelolaan air minum secara konvensional (kelas 1), 0,001 ppm, (kelas 2 dan 3), 0,002 ppm dan (kelas 4). 0,005 ppm dengan demikian mutu air sungai Teluk Kao sudah tidak aman untuk di konsumsi bagi masyarakat Teluk Kao. Sedangkan untuk sedimen sungai Kobok dan Taolas Teluk Kao sudah tidak lagi memenuhi Standar Bahan Baku Mutu sesuai Peraturan Pemerintah No. 82 Tahun 200 kelas I. 0,001 mg/L kelas II. 0,002 mg/L kelas III. 0,002 mg/L kelas IV 0,005 mg/L