Pemanfaatan alga untuk berbagai keperluan industri sangat tergantung pada senyawa penting di dalamnya, sifat fisik, dan sifat kimia senyawa tersebut. Phaeophyceae (alga coklat) mengandung  alginat, protein, vitamin C, tannin, iodine, phenol sebagai obat gondok, anti bakteri dan tumor. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis-jenis alga coklat potensial di perairan pantai desa Hutumuri, Pulau Ambon. Penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat bagi pengembangan pemanfaatannya alga coklat. Penelitian ini dilakukan pada bulan Juni 2014. Pengambilan sampel alga coklat dilakukan dengan cara koleksi bebas pada saat surut, pada saat pengambilan sampel diamati secara visual kondisi substrat tempat tumbuh alga coklat. Pada saat pengambilan sampel alga coklat juga dilakukan pengukuran parameter lingkungan fisika-kimia perairan di beberapa titik yang mewakili lokasi penelitian yang meliputi suhu, salinitas, pH, kecepatan arus, Nitrat dan Phospat. Dari hasil sampling dan determinasi alga coklat di perairan pantai Hutumuri ditemukan tujuh jenis alga coklat. Enam diantaranya teridentifikasi sampai tingkat spesies yakni Sargassum crassifolium, Sargassum vulgare, Sargassum cinereum, Hormophysa cuneiformis, Turbinaria ornata, Padina Australis dan satu jenis tidak teridentifikasi. Keenam jenis alga coklat yang ditemukan memiliki potensi sebagai sumber alginat, obat-obatan, bioindikator logam berat, sumber makanan dan pupuk.