Puskesmas merupakan lembaga pemerintah yang berfungsi melakukan pelayanan kesehatan dasar menuju paradigma sehat. Pelayanan kesehatan terdiri dari pelayanan kesehatan perseorangan dan pelayanan kesehatan masyarakat dengan kegiatan bersifat promotif, preventif, kuratif dan rehabilitatif. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) menganalisis dan menjelaskan perilaku birokrasi pemerintah dalam pelayanan Puskesmas di kota Makassar, (2) menganalisis dan menjelaskan kualitas pelayanan Puskesmas di kota Makassar, dan (3) menganalisis dan menemukan faktor yang berkaitan dengan perilaku birokrasi Puskesmas di kota Makassar.Lokasi penelitian dilakukan pada Puskesmas yang sudah berstandar ISO-9001 yaitu Puskesmas Kassi-Kassi dan belum berstandar ISO-9001 yaitu Puskesmas Barombong  di Kota Makassar, dengan jenis penelitian  kualitatif. Sumber data diperoleh dari informan dengan teknik wawancara, observasi dan dokumentasi. Informan terdiri dari unsur birokrat puskesmas sebagai penyelenggara pelayanan dan unsur masyarakat sebagai pengguna layanan.Hasil penelitian menunjukkan bahwa:  (1) perilaku birokrasi dengan prinsip rasionalitas universal belum inovatif melakukan program-program pelayanan kesehatan sehingga pelaksanaan tugas-tugas pelayanan kesehatan berlangsung apa adanya, perilaku birokrasi dengan prinsip hirarki kurang terkoordinasi baik sehingga beban tugas ganda menjadi  kurang terkendali, dan perilaku birokrasi dengan prinsip diskresi kurang memperoleh kebebasan menjalankan  kewenangan sesuai kebutuhan riil Puskesmas dari kebijakan yang bersifat top-down. (2) Aspek kualitas pelayanan puskesmas, tersedianya sarana dan prasarana pendukung program pelayanan  kurang terjangkau, kepuasan masyarakat dari kualitas yang diterimanya ditentukan oleh kondisi masyarakat setempat. (3) Faktor-faktor yang berkaitan dengan penerapan perilaku birokrasi puskesmas yang dapat berlangsung efisien mendukung proses penyelenggaraan pelayanan melalui kepemimpinan transformasional, birokrasi profesional dan kewenangan khusus. Kata Kunci: Pelayanan Publik, Instansi Pemerintah