Program beasiswa Bidik Misi merupakan program bantuan biaya pendidikan yang diberikan oleh Kementrian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi kepada mahasiswa yang memiliki tingkat ekonomi menengah ke bawah namun memiliki potensi akademik yang baik. Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya merupakan perguruan tinggi dengan jumlah pendaftar Bidik Misi yang terus meningkat setiap tahunnya namun hanya menerima dengan kuota yang sangat terbatas. Dengan banyaknya persyaratan dalam proses penyeleksian dan melihat banyaknya jumlah pendaftar, maka diperlukan sebuah sistem yang mampu membantu dalam proses penyeleksian mahasiswa pendaftar Bidik Misi dengan cepat, mudah dan tepat sasaran. Dalam penelitian ini, digunakan metode Naive Bayes classifier dengan menggunakan variabel penghasilan orang tua, prestasi akademik, prestasi non akademik, uang kuliah tunggal, daya listrik serta jumlah tanggungan keluarga. Keenam variabel tersebut digunakan dalam proses klasifikasi sebagai indikator penentuan kelayakan mahasiswa mendapatkan beasiswa. Sistem yang dibuat dengan metode Naive Bayes classifier sudah baik, dibuktikan dengan hasil akurasi hingga 83,33 %.