Kritik Sayyid Utsman terhadap pemikiran pembaharuan Islam merupakan salah satu bentuk kontroversi Sayyid Utsman yang sangat mengemuka. Ia mengkritik pemikiran dan ide-ide pembaharuan Islam khususnya pada awal abad 20 dan menganggapnya sebagai ajaran sesat dan menyalahi syariat Islam. Sebagai seorang mufti sekaligus penasehat pemerintah Hindia Belanda, kritiknya terhadap Afghani, Muhammad Abduh dan Rasyid Ridha menjadi salah satu poin penting untuk melihat lebih jelas keterlibatan Sayyid Utsman dalam sejarah sosial intelektual Islam di Indonesia pada awal abad 20. Kritik Sayyid Utsman terdapat dalam sejumlah besar karyanya. Ia setidaknya menulis tujuh buah buku yang berhubungan dengan pembaharuan Islam. Kritiknya bukan saja diarahkan kepada ide dan pemikiran pembaharuan, tetapi juga kepada tokoh-tokohnya; Afghani, Abduh dan Rasyid Ridha. Sayang, dalam buku-buku tersebut, kita tidak mendapatkan banyak informasi bagaimana awal pembaharuan Islam di Indonesia menemukan momentumnya dalam sejarah sosial intelektual Islam di Indonesia. Kritik Sayyid Utsman terhadap pemikiran Islam di Indonesia dapat dilihat dari dua kasus; tentang reinterpretasi al-Quran dan terbukanya pintu ijtihad. Dalam dua kasus ini, Sayyid Utsman menganggap bahwa gerakan pembaharuan Islam dianggap menyalahi ketentuan yang sudah dibuat oleh para ulama sebelumnya. Apalagi secara  teknis, kemampuan untuk menafsirkan al-Quran dan melakukan ijtihad memerlukan persyaratan khusus yang tidak mungkin mampu dimiliki oleh masyarakat Islam saat itu. Dari sisi ini, kita bisa melihat bahwa kritik Sayyid Utsman lebih bersifat formalitas; yang memang sesuai dengan kedudukannya sebagai mufti.