Adapun penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah ada perbedaan prestasi belajar matematika siswa berdasarkan gender di MTs. Nurul Yaqin Kelanjur Tahun Pelajaran 2016/2017. Pendekatan penelitian yang digunakan adalah penelitian kuantitatif denganbentuk penelitian ex post facto, dimana data yang dianalisis adalah data prestasi siwa laki-laki dan perempuan yang sudah ada dan di dokumentasikan oleh guru. Populasi pada penelitian ini adalah semua siswa kelas VII, VIII dan IX Madrasah Tsanawiyah (MTs) Nurul Yaqin Kelanjur semester genap tahun pelajaran 2016/2017 yang berjumlah 49 orang. Berdasarkan hasil analisis datayang dilakukan dengan Analisis variansi satu jalan dengan sel tak sama diperoleh nilai Fhitung= 2.2897 lebih besar dari Ftabel= 1.97, sehingga dapat di simpulkan ada perbedaan yang signifikan antara prestasi belajar siswa berdasarkan gender di Madrasah Tsanawiyan Nurul Yaqin Kelanjur. Selanjutnya dilakukan uji simple effectantar prestasi siswa laki-laki dan siswa perempuan untuk mengetahui manakah yang lebih baik antara prestasi siswa laki-laki ataukah siswa perempuan. Dari uji tersebut diperoleh nilai F hitung menunjukan perbedaan yang signifikan yaitu Fhitung= 2.5943 lebih besar dari Ftabel=1.97. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa prestasi belajar siswa perempuna lebih baik dari pada siswa laki-laki di MTs. Nurul Yaqin Kelanjur Tahun Pelajaran 2016/2017.