Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pendidikan madrasah berbasis pesantren dan yang tidak berbasis pesantren pada dasarnya memiliki karakter  sama dalam beberapa hal dan keduanya memiliki misi yang sama. Dalam kajian ini akan membahas karakteristik madrasah berbasis pesantren dan madrasah non pesantren. Kondisi pendidikan di Indonesia termasuk dikatakan rendah karena kualitas Sumber Daya Manusia  di Indonesia belum mencapai kualitas yang maksimal. Kualitas pendidikan madrasah merupakan lembaga pendidikan tertua di Indonesia. Memang cukup ironis, bahwa madrasah  telah memberikan banyak andil dalam perjuangan kemerdekaan Indonesia,  kurang mendapatkan perhatian dan penanganan yang baik dari pemerintah. Maka tidak mengherankan jika kemudian muncul kesan di masyarakat bahwa pendidikan madrasah merupakan lembaga pendidikan kelas dua. Realitas tersebut sungguh sangat kontradiktif dengan semakin banyaknya bermunculan lembaga pendidikan umum yang bercirikan Islam di semua tingkatan. Oleh karena itu, kajian ini merupakan filosofis hakikat pendidikan madrasah dan bagaimana kontribusinya dalam pengembangan pendidikan dan kontribusinya bagi pengembangan pendidikan di Indonesia.