Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplor model pembelajaran sains yang terintegrasi dan terinterkoneksi dengan nilai-nilai agama. Penelitian ini merupakan penelitian kepustakaan (library research). Sumber data yang digunakan adalah literatur yang terkait dengan konsepkonsep pembelajaran sains dan konsep nilai (values) dalam filosofis. Untuk itu analisis data yang dipakai adalah content analisys dengan pendekatan kualitatif. Data-data yang diperoleh melalui bacaan berbagai sumber  diseleksi terlebih dahulu, kemudian dikategorisasi dan dianalisis selanjutnya diambil kesimpulan. Hasil penelitian ini adalah perlunya pembelajaran sains didasarkan pada tiga hal, yaitu: hadharat an-nash (budaya teks), hadharat al-‘ilm (budaya ilmu pengetahuan) dan hadharat al-falasafah (budaya filosofis-etis) kemudian diikuti dengan mengimplementasikan pendekatan filosofis-analitik saintifik dan penedekatan eksplanatif dan ekploratif nilai keagamaan dan sosial dalam praktis pembelajaran, dapat dikatakan merupakan sebuah struktur pembelajaran sains yang tidak lagi meninggalkan values. Sedemikian rupa turunan negatif yang dihasilkan oleh pembelajaran sains yang meninggalkan values niscaya dapat dieliminasi, sebaliknya tentu akan lahir sains yang berpihak pada keilahiyahan, kemanusiaan dan ekologial, selanjutnya akan terbuka produk sains yang rahmatan li al-‘alamin.