Pondok pesantren Al Muhamad Cepu sebagai lembaga pendidikan Islam yang bercorak salaf dan modern tidak menutup kemungkinan terdapat beberapa kebijakan yang masih di anggap diskriminatif terhadap kesetaraan gender contoh kasus kebijakan seperti adanya penekanan dan memperketat peraturan pada santri putri pada saat izin keluar, dengan alasan menjaga untuk tidak terjadi hubungan ghoiru muhrim (lawan jenis), ruang relasi gender terasa sangat minim sekali di pesantren ini, mengutip pernyataan omid safi bahwa kesetaraan dan keadilan gender harus diberikan kepada kaum wanita bukan sebagai hadiah atau belas kasihan, melainkan mereka adalah bagian dari umat manusia yang memang memiliki hak melekat atas semua yang semestinya mereka dapatkan. Penelitian ini dilakukan untuk memahami secara mendalam kondisi pesantren Al Muhamad Cepu yang menimbulkan perlakuan diskriminatif terhadap santri putri. Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif kualitatif dengan instrument kunci adalah peneliti sendiri. Sedangkan dalam proses pengumpulan datanya peneliti menggunakan alat bantu instrument yaitu berupa lembaran catatan data, tape recorder, foto, dan instrumen lain yang terkait dengan kebutuhan peneliti. Penelitian ini memberikan kesimpulan bahwa di pondok pesantren Al Muhamad Cepu telah berjalan sebuah peraturan yang baik untuk membentuk pribadi disiplin dengan harapan alumninya akan menjadi insan yang berbudi luhur dan berakhlaqul karimah, karena pesantren bertindak dan berfungsi sebagai bengkel moral. Tetapi apabila dilihat dengan kacamata kesetaraan gender pedoman pengasuh yang masih normatif dan bersifat universal seperti tidak melanggar molimo dan memiliki azas manfaat yang  dijadikan landasan oleh pengurus keamanan santri putri. penafsiran dan pengejawantahannya di lapangan masih cenderung bersifat patriarkhi, dengan bukti adanya perbedaan peraturan antara santri putri dengan santri putra dalam hal urusan keluar pesantren. Pesantren putri lebih terasa diperketat daripada pesantren putra, pesantren putri lebih sulit untuk menjalin relasi di luar sedangkan pesantren putra bebas.