The teachers who teach science in schools based Islamic boarding are not all science educational background; some are teachers who "forced" to teach science. They were forced to "take advantage" of existing teachers to teach science because it does not have the ability to pay teachers from outside. The impact is learning science can not be implemented optimally, in terms of the depth of the material, the application of learning strategies, learning model selection and implementation of instructional media. The impact of teacher uncompetence and inadequate laboratory facilities are unoptimal science teaching learning process, in terms of the depth of the material, the application of learning strategies, learning model selection and implementation of instructional media. The purpose of this study is to know the competences of teachers and facilities of biology learning in Madrasah Aliyah based Islamic boarding school in Cirebon. The research method is descriptive qualitative method. The results showed that all the competences of teachers both in Madrasah Aliyah As-Shighor and Madrasah Aliyah Kalimukti are classified good and very good as well as biology laboratory. The implication of this research is science teaching and learning process both in Madrasah Aliyah As-Shighor and Madrasah Aliyah Kalimukti are could be implemented optimally. Background guru/tutor yang mengajar IPA di sekolah-sekolah yang berafiliasi dengan pondok pesantren tidak semua berlatar belakang pendidikan IPA, sebagiannya adalah para ustad yang “dipaksa” untuk mengajarkan IPA kepada para santri. Mereka terpaksa “memanfaatkan” ustad yang ada untuk mengajarkan IPA karena tidak memiliki kesanggupan untuk membayar guru dari luar. Dampaknya adalah pada saat pembelajaran IPA tidak dapat dilaksanakan secara maksimal, ditinjau dari kedalaman materi, penerapan strategi pembelajaran, pemilihan model pembelajaran maupun penerapan media pembelajaran. Dampak dari kompetensi guru yang tidak sesuai maupun pendukung pembelajaran berupa fasilitas laboratorium yang kurang memadai adalah pada saat pembelajaran IPA tidak dapat dilaksanakan secara maksimal, ditinjau dari kedalaman materi, penerapan strategi pembelajaran, pemilihan model pembelajaran maupun penerapan media pembelajaran. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui profil kompetensi guru dan fasilitas pendukung pembelajaran biologi pada Madrasah Aliyah berbasis Pesantren di Cirebon. Metode penelitian yang digunakan adalah metode kualitatif deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh kompetensi guru di kedua Madrasah Aliyah As-Shighor dan Kalimukti sudah tergolong baik dan sangat baik. Demikian pula dengan fasilitas laboratorium Biologi di kedua sekolah tersebut belum sepenuhnya terpenuhi sarana dan prasarananya bahkan di MA As Shighor sangat minim. Implikasinya bahwa pembelajran IPA di kedua madrasah tersebut bisa terlaksana dengan baik dengan kompetensi guru yang dimilikinya meskipun fasilitas laboratorium belum sepenuhnya menunjang proses pembelajaran. Key Words: Kompetens Guru, Fasilitas Laboratorium Biologi, MA Pesantren