Tujuan penelitian ini adalah Untuk mengetahui pengaruh prestasi belajar siswa pada mata pelajaran tajwid di Madrasah Diniyah Nurul Mustofa Parerejo Purwodadi sebelum dan sesudah penggunaan media bagan pohon. Dalam penelitian ini, populasi yang digunakan populasi yang digunakan adalah seluruh siswa-siswi Madrasah Diniyah Nurul Mustofa Parerejo Purwodadi Pasuruan  tahun ajaran 2014-2015 yang berjumlah 82 responden. sampelnya adalah siswa-siswi kelas III yang berjumlah 12 siswa dengan menggunakan tehnik random sampling. Pengumpulan data menggunakan metode tes dengan Analisis Uji-t Paired sebesar Sig data 0,00, untuk uji normalitas Sig data 0,696 pada pre test dan 0,486 pada post test, pada uji validitas nilai r hitung 0,547 dan uji reabilitas nilai Cronbach’s Alpha adalah 0,707. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil analisis data Uji-t Paired (Paired sampel t test), diperoleh Signifikansi 0,00. Karena signifikansi yang menyertai lebih kecil dari 0,05 maka hipotesis yang menyatakan bahwa terdapat perngaruh prestasi belajar siswa pada mata pelajaran tajwid di Madrasah Diniyah Nurul Mustofa Parerejo Purwodadi sebelum dan sesudah penggunaan media bagan pohon diterima. Dengan demikian penggunaan media bagan pohon menyebabkan perubahan pada prestasi belajar siswa dengan baik. Jadi semakin meningkat penggunaan media bagan pohon dalam pembelajaran tajwid maka akan meningkat pula prestasi belajar siswa.