Abstraks: Penelitian ini berangkat dari polemik tentang integrasi ilmu dan agama yang tak kunjung selesai. Di tengah polemik tersebut, UIN Sunan Kalijaga Jogjakarta menjadikan paradigma integratif-interkonektif sebagai basis pengembangan keilmuan yang mengintegrasikan ilmu dan agama. Penelitian ini akan menjawab dua permasalahan yaitu; bagaimana paradigma integratifinterkonektif sebagai payung keilmuan UIN Sunan Kalijaga Jogjakarta serta implementasi  paradigma  tersebut  ke  dalam  penyusunan  kurikulum.  Dengan menggunakan pendekatan kualitatif dan analisis interaktif, penelitian ini menghasilkan dua temuan. Pertama, secara epistemologis, paradigma keilmuan UIN Sunan kalijaga yang dikenal dengan paradigma integratif-interkonektif merupakan pengembangan dari epistemologi bayãnî, ‘irfãnî dan burhãnîyang digagas oleh al-Jãbirî.Dari aspek lain, paradigma integratif-interkonektif termasuk model integrasi ilmu (hadarãt al-’ilm) dan agama (hadarãt alnass)dengan tipologi triadik. Dalam model triadik ini ada unsur ketiga yang menjembatani sains dan agama yaitu filsafat (hadarãt al-falsafah). Kedua, dalam tataran prakteknya, banyak kalangan menilai bahwa paradigma integrasi interkoneksi yang dibangun oleh UIN Sunan Kalijaga masih memiliki keterbatasan, karena cenderung lebih bersifat teoritis. Konsep paradigma tersebut  belum  dijabarkan  dalam  empat  ranah  utama  dalam  melaksakan kurikulum yaitu ranah filosofis, materi, metodologi dan strategi.