Prodi PGMI STAIN Ponorogo sejak berdirinya telah mengembangkan kerjasama dengan beberapa Madrasah Ibtidaiyah (MI) sebagai mitra dalam mengembangkan pembelajaran di MI. Kerjasama berupa fasilitasi pengembangan madrasah, peningkatan sumber daya manusia, penelitian ke-MI-an, dan peningkatan kualitas mahasiswa calon guru MI. Kerjasama yang telah berjalan sekitar satu dekade diharapkan dapat meningkatkan kualitas pembelajaran di kedua belah pihak. Penelitian ini bertujuan mengetahui tingkat penguasaan Keterampilan Proses Sains Dasar Kelas Atas (KPSDKA) siswa madrasah ibtidaiyah mitra STAIN Ponorogo serta membuktikan dan menganalisis ada tidaknya perbedaan dan pengaruh variabel jenis kelamin, tingkatan kelas, jenis sekolah dan interaksi di antaranya terhadap KPSDKA siswa. Melalui survey pada beberapa madrasah mitra sebagai sampel penelitian ditemukan bahwa rata-rata prosentase tingkat penguasaan KPSDKA siswa hanya 54,47%, sedangkan kategori penguasaan siswa mayoritas belum begitu tinggi/sedang. Setelah dilakukan uji perbedaan dengan three ways anova, dibuktikan bahwa tidak ada perbedaan KPSDKA siswa antara siswa laki-lak idan perempuan, dan antara siswa dari MI negeri atau swasta. Tetapi ada perbedaan KPSDKA untuk tingkatan kelas yang berbeda, yaitu siswa dari kelas lebih tinggi mempunyai tingket penguasaan KPSDKA yang lebih baik.