Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kesulitan yang dihadapi guru dalam pelaksanaan pembelajaran biologi pada Madrasah/Sekolah tingkatan menengah di Provinsi Jawa Barat (study Kasus Priyangan), Penelitian ini menggunakan metode penelitian kualitatif, metode pengumpulan data menggunakan observasi, wawancara, dan dokumentasi. Prosedur analisis data adalah pengumpulan data, reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Diperoleh data bahwa kesulitan guru dalam pembelajaran Biologi terbagi menjadi dua; 1). Internal, pada kompetensi professional terdapat 6 materi yang dianggap sulit oleh pendidik maupun siswa yaitu sistem klasifikasi makhluk hidup 22%, metabolisme 20%, system regulasi 17%, heredias dan genetik 16%, animalia 13%, dan Sel 12%; kompetensi pedagogic, guru menggunakan 18 metode pembelajaran dengan dominasi 21% ceramah, 15% Praktikum, dan 21% diskusi, sisanya bervariasi, namun dalam penggunaan media 85% sudah berbasis media elektronik dan 15% masih tradisional. 2). Eksternal, yaitu  tidak sesuainya kurikulum yang diberlakukan pada madrasah/sekolah dengan fasilitas kelas dan Laboratorium, kebijakan madrasah yang berbeda-beda, beragamnya peningkatan kompetensi yang telah diikuti guru biologi. Adapun persentase kesulitan dalam pemelajaran Biologi secara umum ditemui 48% dari sudut pandang siswa, 10% Guru, dan 41% sarana dan prasarana. Hasil analisis data diharapkan dapat menjadi referensi dasar dalam penetapan kebijakan dan usaha peningkatan SDM maupun  Output pada madrasah/sekolah kementerian terkait.