Undang-Undang No. 11 Tahun 2006 tentang Pemerintah Aceh mempunyai kewenangan dalam penggantian pejabat eselon II yang tidak sesuai dengan Undang-Undang No. 10 Tahun 2016 tentang Pemilihan Gubernur, Bupati, dan Walikota. Gubernur Aceh dilarang melakukan penggantian pejabat 6 (enam) bulan sebelum tanggal penetapan pasangan calon sampai dengan akhir masa  jabatan kecuali mendapat persetujuan tertulis dari Menteri. Prosedur penggantian pejabat eselon II dilakukan secara terbuka dan kompetitif di kalangan PNS dengan memperhatikan syarat kompetisi, kualifikasi, kepangkatan, pendidikan, pelatihan, rekam jejak jabatan dan integritas sesuai menurut UU No. 5 Tahun 2014 tentang Aparatur Sipil Negara. Tujuan penelitian untuk mengetahui kewenangan Gubernur Aceh dalam mengangkat pejabat Eselon II dan mengetahui ketentuan UU No. 10 Tahun 2016 tentang Pemilihan Gubernur, Bupati, dan Walikota membatasi kewenangan Gubernur Aceh sebagai kepala daerah dalam otonomi khusus. Metode penelitian yang digunakan penelitian hukum normatif (yuridis normative). Hasil penelitian menunjukkan bahwa Undang-Undang No. 10 Tahun 2016 tidak menghambat otonomi khusus di Aceh menurut UU No. 11 Tahun 2006. UU No. 10 Tahun 2016 tentang Pemilihan Gubernur, Bupati dan Walikota tetap berlaku di Aceh, dan penggantian pejabat eselon II tetap berdasarkan UU No. 5 Tahun 2014 tentang Aparatur Sipil Negara. Disarankan kepada Pemerintah Pusat dalam membuat peraturan perundang-undangan harus sinkronisasi peraturan perundang-undang lainnya, agar tidak timbul disharmonisasi peraturan perundang-undangan. Memberikan pengecualian untuk Provinsi Aceh sebagai otonomi khusus, agar tidak timbul disharmonisasi peraturan perundang-undangan.The Act Number 11, 2006 has a power to replace echelon II officials. In the replacement of the echelon II officials, which is against the Act Number 10, 2016on the Governor, Head of District and Major Elections. The Aceh Governor is not allowed to replace the officials within 6 (six) months before the date of the candidate couple determination till the end of official position date unless there is a written license from Ministry. The procedure of echelon II official’s replacement conducted openly and competitively among civil servants with due regard to terms of competition, qualifications, rank, education, training, track record and integrity accordingly based on the Act Number 5, 2014 on States’ Official. This research aims to determine and assess the authority of the Governor of Aceh in appointing Echelon II officials and knowing the provisions of Law no. 10 of 2016 on the Election of Governors, Regents, and Mayors limits the authority of the Governor of Aceh as regional head in special autonomy. This is juridical normative research. The research shows that the Act Number 10, 2016 is not against the Act Number 11, 2006. The Act Number 10, 2016 on the Governor, Head of District and Major Election, is still existing in Aceh, and in regard with the replacement of echelon II is still referring to the Act Number 5, 2014 on States’ Official, as the civil Servants in Aceh is nationally integrated as civil servants.It is recommended that the Central Government shold enact legislation scrupolusly and refer to harmonization and synchronization of other laws, in order not to arise disharmonization of legislation. hence it provides exceptions for Aceh Province as the special autonomy province, in order to avoid legislations’s disharmony.