Manajemen dan kepemimpinan pondok pesantren memiliki ciri yang khas sesuai budaya dan nilai nilai religius keislaman. Penghormatan pada guru (kiai) oleh para santri merupakan keniscayaan. Penghormatan pada guru telah menjadi tradisi santri di pondok pesantren untuk memperoleh berkah dalam rangka menimba ilmu pengetahuan. Kepemimpinan pondok pesantren mengajarkan penghormatan pada guru, hal ini dipahami sebagai praktik praktik pendidikan memiliki justifikasi religius yang sangat kuat. Dalam upaya memenuhi visi dan misi pendidikan pada pondok pesantren, maka pimpinannya perlu memenuhi persyaratan yang sesuai dengan ciri dan karakter pondok pesantren. Fenomena masa modern ini perkembangan ilmu manajemen dan kepemimpinan semakin dinamis serta penggunaan teknologi makin maju yang mempengaruhi kehidupan masyarakat. Konsekuensinya pendidikan di pondok pesantren perlu beradaptasi dengan kemajuan tersebut dengan tetap menjaga ciri khas dan karakteristik pondok pesantren. Dengan mengaplikasikan manajemen dan kepemimpinan yang lebih dinamis, maka pendidikan di pondok pesantren makin maju dan dinamis dengan tetap menjaga kemurnian religius yang menjadi ciri utama pondok pesantren.