Pemerintah secara resmi mengakui enam agama (Islam, Kristen, Katolik, Hindu, Budha, Konghucu) Secara umum Pemerintah menghargai kebebasan menjalankan ibadah agama, namun demikian pembatasan yang terus berlangsung dari pemerintah, khususnya pada agama yang tidak di akui  dan agama yang dianggap menyimpang dari agama yang di akui merupakan pengecualian dari pelaksanaan penghormatan kebebasan beragama. Meskipun pemerintah pusat mengontrol hal-hal yang berkaitan dengan agama, pemerintah pusat tidak berusaha untuk membatalkan peraturan daerah yang membatasi hak seperti yang dijamin oleh Undang-undang Dasar. Pengikut kelompok agama minoritas terus  mengalami beberapa diskriminasi resmi dalam bentuk kesulitan di bidang administrasi, seringkali dalam konteks pencatatan sipil untuk akta pernikahan dan kelahiran atau berkenaan dengan pengeluaran kartu pendudukHasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah bahwa: pertama, penganut dari kepercayaan yang belum di akui resmi oleh pemerintah boleh mengosongkan kolom agama dalam KTP elektronik atau e-KTP. Pemerintah Kabupaten/Kota berkewajiban dan bertanggung jawab menyelenggarakan urusan Administrasi kependudukan yang dilakukan oleh Bupati/ Walikota dengan kewenangan. Kedua, Dinamika kasus Ahmadiyah dan penyelesaiannya terhadap agama pemerintah sebagai lembaga tertinggi sebuah Negara harus bersikap netral.