Labu susu merupakan komoditas tanaman holtikultura yang berpotensi besar untuk dikembangkan sebagai bahan pangan dan obat. Diperlukan peningkatan hasil produksi labu susu yang unggul untuk memenuhi kebutuhan yang terus meningkat. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui kestabilan fenotip tanaman labu susu yang dibudidayakan di 3 lokasi yang berbeda menggunakan analisis data kuantitatif One Way ANOVA serta analisis kualitatif melalui deskriptif fenotip. Analisis variasi genetik dilakukan dengan menggunakan metode PCR-ISSR dengan menggunakan primer UBC 807, UBC 809, UBC 810, dan UBC 841. Berdasarkan hasil yang diperoleh tanaman labu susu memiliki karakter fenotip yang seragam tetapi belum stabil dalam bentuk buah dan ukuran. Hasil analisis PCR-ISSR diperoleh 42 pita DNA teramplifikasi dengan 14 pita DNA polimorfik dan 28 pita DNA monomorfik. Variasi genetik tertinggi dihasilkan oleh primer UBC 810 dan UBC 841 dengan persentase polimorfik ≥50%. Berdasarkan analisis hubungan kekerabatan fenetik, tanaman labu susu terbagi menjadi 2 kluster. Labu susu G2 LH PIAT dan G3 SH Jamusan memiliki kekerabatan dekat dengan tingkat similaritas ≥80% dan tidak berbeda nyata dalam taraf signifikansi 5% sedangkan labu susu G1 SH PIAT berkerabat cukup jauh karena berbeda nyata dengan G2 dan G3.