Higher Education of Islamic Religion (PTKI) become an integral part of the development of Islamic civilization in Indonesia. According to the reason, it is needed a renewal of education system that can produce graduates who are globally competitive, have social skills, and have multicultural character. This research attempts to formulate an integration model of science and religion in Islamic studies at PTKI to create ideal graduates who are aspired. By tracking literature and using a philosophical approach to the theory of spider webs by Amin Abdullah, it can be concluded that Islamic studies at PTKI that focused on the study of religious sciences ('ulūm al-dīn), it must be held a dialogue with modern scientific disciplines and must always in critical-analytic studies. Practically this integration is realized in the form of reinterpretation of religious texts in order to answer complex social problems. Thus, besides having academic provision, graduates of PTKI are expected to have social intelligence, diversity character, and not rigid to differences. أصبحت التربية الإسلامية في المرحلة الجامعية جزءا لا يتجزّء في بناء الثقافة الإسلامية في إندونيسيا. بهذا تحتاج الحالة إلى التغيير والتجديد في نظام التربية المطبقة لتخريج  الخرّيجين ذوي روح المنافسة العالمية، والقدرات الاجتماعية، والخلق المتعدد الثقافات. حاولت هذه الدراسة وضع نموذج التمزيج بين العلوم والدين في الدراسات الإسلامية    في الجامعات الإسلامية بهدف تخريج الخرّجين المثاليين.  فبدراسة أنواع من المصادر والمراجع وبالمدخل الفلسفي ونظرية شبكة العنكبوت لأمين عبد الله، يمكن الاستنتاج أن الدراسات الإسلامية في الجامعات الإسلامية المرتكزة على دراسة العلوم الدينية لابد من ربطها بالعلوم العصرية ولابد أن تكون الدراسة في ظل الدراسة النقدية والتحليلية. وفي الواقع، كان هذا التمزيج يتمثّل في استنباط المعنى الجديد من النصوص الدينية لحل المشاكل الاجتماعية التى أصبحت متعقدة. بهذا فعلى خريج الجامعات الإسلامية أن يستولوا على البضائع الأكاديكية وبجانب ذلك أن يكون لهم الذكاء الإجتماعي وقبول التنوّعات  وسماحة لمواجهة الاختلافات