It is broadly assumed that the Islamic boarding house is a conservative, static, and inclusive institution. The similar idea has been raised by Geerzt whom he classifies the members of Islamic school as conservative Muslim. In fact, this allegation seems over generalized and unfounded. This is absolutely unfair because there have been valuable rapid changes of this institution that suit on the need of global development, although the changes occur without excluding the traditional system. Moreover, the changes are getting faster and more significant after the inclusion of two main subjects, such as mantiq and ushul fiqh which might greatly adopt and concede the logic of the Greek philosophers. On the other hand, some of Muslims still show deep antipathetic attitudes towards the sciences from the West which entered into Islamic boarding schools. They argue that it will gradually shift the Islamic tradition into the secular Western tradition. They do not realize that whatever the discipline occupied, it is indeed considered as the science of Islam under condition that it provides them with science and knowledge of the truth of Allah, piety, fear to God, useful, able to bring the knowledge of God's power (khasyyah) and for the benefit of all mankind. Thus, what some people consider as secular science, truly it belongs to the science of Islam. In other words, secularization is actually the Islamization itself.  ظن كثير من الباحثين أنّ بسنترين مؤسسة تربوية متخلفة وجامدة. وعلى هذا، سمّى جيتس أهل بسنترين بالمسلمين المتخلفين الجامدين. هذه التهمة لا تقوم على أساس، لأن التغيرات وقعت فيها، لكنها لا تقع باهمال النظام التقليدي وتركه، بل كانت هذه التغيرات كبيرة، خاصة بعد ادخال مادة أصول الفقه والمنطق في المنهج الدراسي، وهما موروثان من منطق الفلسفة اليوناننية. ولازال بعض المسلمين متهما أن العلوم الغربية الداخلة في بسنترين سوف تغيّر تدريجيا العادات والتقاليد في بسنترين إلى العادات والتقاليد الغربية العلمانية. هم لا يعرفون أن كلّ علم جعل أهله مؤمنا بالله ومتّقيا وساعده في معرفة قدرة الله فهو إسلامي. بهذا أصبح ما يظنّه بعض الناس علمانيّا فهو إسلاميّ، والعلمانية هي الإسلامية نفسها.