Abstract: The variety of life challenge in the future and study result not yet showed by student, require government to innovate education system through curriculum change which then recognized with curriculum 2013. One of typical curriculum 2013, in course using of scientific approach for all of subject including Islamic education in madrasa. Though the truth of knowledge Islamic education in madrasa coming from non-scientific truth which refused in scientific approach system. This study about scientific approach implementation at Islamic education in madrasah. Approach implementation of Islamic education at madrasah besides giving attention to science method in general, educator have to pay attention at several things in order to optimal learning. Several things which must get attention by educator are science approach, do not eliminate the truth of dogmatic to the truth of empiric, the importance of theme integration which the truth of dogmatic with pure science, repeat description about competition standard of Islamic education at madrasa, the importance of creativity development and educator innovation in learning process.   ملخص: تنوّع تحديات حياة الناس الإندونيسيين في المستقبل وظاهرة نتائج التعلم السيئة لدى الطلاب اقتضت الحكومة لتجديد النظام التربوي بتغيير المنهج الدراسي، ويسمى الجديد بالمنهج الدراسي 2013. ومن مميزات هذا المنهج الجديد هو استعمال المدخل العلمي في تدريس جميع المواد في المدارس وفيها تعليم مادة التربية الإسلامية في المدارس الإسلامية، مع أن صحة المعارف في مادة التربية الإسلامية اعتمد كثيرا على الصحة غير العلمية المطرودة في نظام المدخل العلمي. بحثت هذه المقالة في تطبيق المدخل العلمي في مادة التربية الإسلامية في المدارس الإسلامية. في تطبيق المدخل العلمي في مادة التربية الإسلامية في المدارس الإسلامية بجانب الاهتمام بالقواعد العلمية عامة، على المدرس أن يهتم ببعض الأمور ليسير التدريس سيرا جميلا. وهذه الأمور هي أن المدخل العلمي لا ينقص أو لا يزيل الصحة العقدية إلي الصحة الامبيريسية، وأهمية الجمع بين الموضوع الذى له صحة عقدية وبين العلمية البحتة، وإعادة العرض عن معيار الكفاءات في مادة التربية الإسلامية في المدارس الإسلامية، وأهمية تنمية مهارات المدرس وكفاءاته وتجديداته في عملية التعليم.   Keyword: Pendekatan saintifik, pelajaran PAI, madrasah