Pendidikan Islam dihadapkan pada tantangan besar agar bisa mewujudkan tujuan pendidikan Islam yang mampu membina akhlak, membina kehidupan dunia dan akhirat, penguasaan ilmu dan keterampilan bekerja dalam aspek sosial. Sementara, pendidikan nasional bertujuan sebagai proses untuk membentuk peradaban yang martabat melalui pengembangan potensi dan karakter generasi bangsa yang diarahkan agar cerdas, beriman dan bertakwa, berkakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, demokratis dan bertanggung jawab. Karena itu, Sekolah Islam terpadu digagas karena melihat efek sekolah-sekolah nasional yang mendidik anak sekuleristik dengan memisahkan kehidupan keagamaan dan kehidupan sosial bermasyarakat, sementara ada beberapa sekolah Islam yang juga bagian dari sekuleristik yang sangat fokus terus di ibadah-ibadah mahdah sehingga mengabaikan sisi ilmu pengetahuan. Sekolah  Islam Terpadu, sebuah model pendidikan yang didesain dengan segala keterpaduan dari berbagai sisi dan aspek pendidikan, yang meliputi visi, misi, kurikulum, pendidik, suasana pembelajaran, dan lain sebagainya. Sekolah Islam Terpadu sebagai bentuk satuan pendidikan pra-dasar, dasar, dan menegah memiliki peran yang sangat strategis dalam membangun, membentuk, membina, dan mengarahkan anak didik menjadi manusia yang seutuhnya. Sistem terpadu dengan penerapan program full day school. Yang dimaksud program terpadu adalah program yang memadukan antara program pendidikan umum dan pendidikan agama, antara pengembangan potensi intelektual (fikriyah), emosional (ruhiyah) dan fisik (jasadiyah), dan antara sekolah, orang tua dan masyarakat sebagai pihak yang memiliki tugas dan tanggung jawab terhadap dunia pendidikan. Pemaduan program pendidikan umum dan agama dilakukan secara kuantitatif dan kualitatif..