Kehadiran UU No. 12/2012 tentang Pendidikan Tinggi menjadi angin segar bagi PTKI, karena penyelenggaraan pendidikannya mendapat pengakuan secara konstitusional. Namun demikian, basis konstitusional ini masih menyisakan banyak persoalan, salah satunya dilihat dari perspektif epistemologi integrasi-interkoneksi yang telah menjadikan al-Qur’an dan Hadis sebagai core values bagi keilmuan Islam. Tulisan ini dengan analisis isi menemukan bahwa epistemologi keilmuan integrasi-interkoneksi merupakan gagasan Prof. M. Amin Abdullah yang berusaha memadukan dan mengaitkan antara  “ilmu” dan “agama”, yang tergambar dalam model Jaring Laba-Laba. Tujuh wilayah rumpun ilmu agama Islam, sebagaimana tertera dalam UU No. 12/2012 mendapat legitimasi al-Qur’an melalui sebaran berbagai ayatnya dalam bentuk pemetaan. Ketujuh bidang rumpun ilmu agama Islam ini posisinya masih berada dalam Lingkar Lapis Dua dalam epistemologi integrasi-interkoneksi model Jaring Laba-Laba. Dengan demikian,tujuh bidang rumpun ilmu agama Islam dalam UU No. 12/2012 ini tidak cukup relevan dengan semangat perubahan dari IAIN ke UIN yang menghendaki adanya peningkatan lapisan dari Lapis Dua ke Lapis Tiga dalam model Jaring Laba-Laba.